试管婴儿和自然受孕孩子的胚胎早期发育环境不同，目前观察差异性不大，但远期预后尚需要继续研究。
试管婴儿一般在受精后的3～5天在体外发育成胚胎或者囊胚后植入母亲体内。解冻移植还需要经历冷冻，解冻复苏的过程，自1978年试管婴儿诞生以来的40多年里，长期数据分析结果显示试管婴儿和其他自然受孕的婴儿在生长发育，智商和未来生育等方面是没有显著性差异的。
然而试管婴儿在围产期的并发症比如早产、低体重儿发生率增加，原因可能跟多胎妊娠，母亲高龄合并症增多有关。此外也有研究表明试管婴儿后代存在轻度增加的心血管疾病风险，二代试管婴儿自闭症的风险也比对照组增加。
因此试管婴儿后代目前没有观察到明显的差异性，但长期预后尚需要继续研究，如果能选择自然妊娠建议先考虑自然妊娠，试管婴儿应该严格把握适应证。